Parasitäre Strongyliden-Nemabiom-Gemeinschaften bei wilden Wiederkäuern in Schweden

Parasites & Vectors Band 15, Artikelnummer: 341 (2022) Diesen Artikel zitieren

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Wildtierwirte können als Reservoir für Strongyliden dienen, die auf Nutztiere übertragen werden können. Daher sind Studien zur Bewertung der Nemabiomzusammensetzung bei Wildwiekäuern von großem Nutzen für die Beurteilung der Möglichkeit der Übertragung wichtiger Nematodenpathogene auf Hausschafe in Schweden.

Erstens wurden während der Jagdsaison 2019 Kotproben von Rehen (n = 125), Damhirschen (n = 106), Rotwild (n = 18) und Mufflons (n = 13) in Südmittelschweden gesammelt. Zweitens: Nach der Kotuntersuchung wurden Proben kultiviert und die Larven geerntet, gefolgt von DNA-Extraktionen. Drittens wurden alle Proben mit einem Barcode versehen und zur Sequenzanalyse auf der PacBio-Plattform verarbeitet. Abschließend wurde eine bioinformatische Sequenzanalyse mit DADA2 durchgeführt, während Artenvielfalt und -reichtum sowie Interaktionen zwischen den verschiedenen Wirten in R berechnet und analysiert wurden.

Nematoden-ITS2-Sequenzen wurden in 225 von 262 (86 %) Proben gefunden. Insgesamt wurden 31 Taxa identifiziert, davon 26 (86 %) auf Artebene. Diese wurden in unterschiedlichen Kombinationen gefunden, wobei 24 (77 %) bei Rehen, 19 (61 %) bei Damwild, 20 (65 %) bei Rothirschen und 10 (32 %) bei Mufflons auftraten. Von fünf der gefundenen Arten ist bekannt, dass sie mit Nutztieren in Zusammenhang stehen (Chabertia ovina, Haemonchus contortus, Oesophagostomum venulosum, Teladorsagiacircumcincta und Trichostrongylus axei). Allerdings waren in der vorliegenden Studie die relative Häufigkeit und Prävalenz der meisten dieser Arten gering. Die auffälligste Ausnahme war T. axei, der in allen Wildtierwirten relativ häufig vorkam. Meistens ein breites Spektrum wildtierspezifischer Nematoden wie Ostertagia leptospicularis und Spiculopteragia spp. wurden identifiziert, darunter der invasive Fadenwurm Spiculopteragia houdemeri, der erstmals in Schweden bei Rothirschen, Damhirschen und Mufflons gefunden wurde. Der Unterschied in der Anzahl gemeinsamer Arten zwischen Mufflons und allen Hirschartigen (n = 6) war geringer als bei allen drei Hirschartigen (n = 8).

In dieser Studie untersuchten wir die Gemeinschaftsstruktur parasitärer Darmnematoden in vier Wildwirten und stellten fest, dass die Mehrzahl der identifizierten Parasitenarten wildtierspezifisch waren. Wir haben auch eine neue, potenziell invasive Art gefunden, über die bisher noch nicht berichtet wurde. Nach einem Vergleich des Nemabioms der Wildtierwirte in dieser Studie mit einer früheren Studie an Schafen aus derselben geografischen Region kommen wir zu dem Schluss, dass das horizontale Übertragungspotenzial relativ gering zu sein scheint. Dennoch können Kreuzinfektionen von Nematoden zwischen Wild und Schafen nicht völlig ignoriert werden.

Das Interesse an Helminthen bei Wildtieren hat in den letzten Jahren aufgrund möglicher wirtschaftlicher Auswirkungen auf die Nutztierhaltung zugenommen. Erstens wurde festgestellt, dass mehrere wildlebende Huftiere als Reservoir für generalistische Parasiten fungieren können, die wiederum auf Nutztiere übertragen werden können [1,2,3]. Zweitens wurde vermutet, dass der Klimawandel Auswirkungen auf die Übertragungsbiologie von Parasiten zwischen Wildtieren und Haustieren haben könnte. Im Fall des Rehwilds (Capreolus capreolus) haben beispielsweise wachsende Populationen und Lebensraumveränderungen das Wirtsspektrum verändert [4]. Angesichts des allgemeinen Trends zu wärmeren und feuchteren Weidezeiten kann dies schließlich zu einer erhöhten Exposition gegenüber Krankheitserregern bei Nutztieren führen, wenn verschiedene Wirtsarten interagieren [5]. Drittens kann eine veränderte Exposition auch eine Folge des zunehmenden Handels infizierter Wildtiere zwischen entfernten Regionen sein. Einige Beispiele sind die jüngsten Einschleppungen von Ashworthius sidemi und Spiculopteragia houdemeri in Europa. Beide Arten gelten als invasive Parasiten mit Ursprung in Asien und breiten sich seit der zweiten Hälfte des 20. Jahrhunderts in Mitteleuropa aus [6,7,8,9].

Bei Nematodeninfektionen bei kleinen Wiederkäuern liegt das Augenmerk aus offensichtlichen Gründen vor allem auf natürlich vorkommenden Erregern wie Haemonchus contortus, Teladorsagiacircumcincta und Trichostrongylus axei [3, 10]. Alle drei sind wichtige Labmagen-Strongylennematoden bei Hausschafen, von denen insbesondere H. contortus und T. axei in unterschiedlichen Kombinationen insbesondere bei Rehen (Capreolus capreolus) in ganz Europa nachgewiesen wurden [11,12,13,14,15,16 ,17,18,19,20], aber auch beim Damhirsch (Dama dama) in Polen [18] sowie beim Rothirsch (Cervus elaphus) in Italien und Polen [18, 21]. Sowohl H. contortus als auch T. Circumcincta [22] kommen heutzutage häufig in Schafherden im südlichen Mittelschweden vor, während das Vorkommen von T. axei eher sporadisch ist, wie eine Nemabiom-Studie zeigt, die an Proben aus 61 kommerziellen Schafherden durchgeführt wurde Bauernhöfe [23]. Obwohl H. contortus, der weltweit als der wichtigste pathogene Parasit bei Schafen gilt [22], in der Vergangenheit bei schwedischen Rehen selten vorkam, wird seit Jahrzehnten vermutet, dass dieser Parasit von Wildwirten auf Schafe übertragen werden könnte [ 24]. Es ist jedoch nicht bekannt, wie weit diese Art heute bei Rehen verbreitet ist und ob eine Übertragung über andere Wildwirte erfolgt. Es gibt jedoch experimentelle Beweise [25] sowie eine genetische Untersuchung von Proben, die von verschiedenen Wirten im Alpenraum gesammelt wurden, was darauf hindeutet, dass eine Übertragung zwischen wilden und heimischen Wiederkäuern stattfindet [26]. In ähnlicher Weise wurde gezeigt, dass T. axei ein kosmopolitischer Generalist ist, der hohe Genflussraten zwischen sympatrischen Wirtsarten aufweist [27]. Zusätzlich zu diesen Nematoden können auch Chabertia ovina und Oesophagostomum venulosum zwischen wilden Wiederkäuern und Schafen übertragen werden [3]. Nach allgemeinem Wissen sind diese beiden Arten jedoch ungewöhnlich und gelten in Schweden nicht als Haupterreger für Schafe.

Da gut dokumentiert ist, dass wilde Wiederkäuer einige Nematoden mit Nutztieren teilen, können sie theoretisch auch Würmer übertragen, die Allele zur Bestimmung der Anthelminthikaresistenz sowie anfällige Genotypen tragen [28]. Zusammen mit dem aufkommenden Ausmaß an Anthelminthika-Resistenzen bei Nematoden europäischer Wiederkäuer, die hauptsächlich mit H. contortus und T. Circumcincta assoziiert sind [29], wurde die Rolle von Wildtieren als Überträger resistenter Stämme vorgeschlagen. Während Chintoan-Uta et al. [17] kamen zu dem Schluss, dass Rehe das Potenzial haben, resistenten H. contortus von Nutztieren zu erwerben, Brown et al. [30] schlugen vor, dass Wildtierwirte gleichermaßen zur Verzögerung der Ausbreitung beitragen könnten, indem sie als unbehandelte Rückzugsquelle fungieren. Dies wurde in einer ungarischen Studie weiter untermauert, in der H. contortus sowohl bei Schafen als auch bei Rehen vorkam, der homozygote anfällige Genotyp jedoch bei letzteren häufiger vorkam [19]. Selbst wenn die Übertragung resistenter H. contortus-Genotypen zwischen Haus- und Wildtieren experimentell auf einer gemeinsamen Weide nachgewiesen wurde, kann nicht garantiert werden, dass sie auch auf landwirtschaftlichen Betrieben auftritt [25].

Erstens wird die Wahrscheinlichkeit einer Kreuzübertragung von Parasiten zwischen verschiedenen Wirtsarten durch die Dichte infizierter Tiere auf gemeinsam genutzten Weiden beeinflusst, auf denen sie sich die gleichen Ressourcen teilen [3, 31]. Obwohl bekannt ist, dass einige Parasiten eng verwandte Wirte infizieren, ist gleichzeitig gut belegt, dass es bei verschiedenen Wirtsarten Unterschiede in der Anfälligkeit und Fruchtbarkeit der Parasiten geben kann. Einer experimentellen Studie zufolge schieden europäische Mufflons beispielsweise 11 Wochen nach der Infektion > 20.000 H. contortus-Eier pro Gramm Kot aus [25]. Darüber hinaus spielt die Entwicklungs- und Überlebensfähigkeit der frei lebenden Stadien der Parasiten eine wesentliche Rolle, da diese für den Übertragungsprozess von entscheidender Bedeutung sind. Beispielsweise ergab eine kanadische Untersuchung der Ökologie der frei lebenden Stadien von Strongyliden bei Rindern, dass am Ende der Weidesaison eine große Anzahl von Larven in den Kotfladen verblieb, kurzfristige Regenfälle jedoch einen erheblichen Einfluss auf die Migration hatten von Larven auf der Weide [32]. Infolgedessen weisen auf Weiden übertragene Parasiten saisonale Infektionsmuster auf, die sowohl auf den Klimawandel als auch auf die Landnutzung sehr empfindlich reagieren. Wie andere Organismen sind Nematoden an die Bedingungen in der lokalen Umgebung angepasst [33]. Daher hat sich die Empfindlichkeit der frei lebenden Stadien verschiedener Arten als Reaktion auf Temperaturen und Luftfeuchtigkeit in der Umgebung unterschiedlich entwickelt. Beispielsweise sind die infektiösen Larven einiger Arten wie Ostertagia spp. und Trichostrongylus spp. sind im Allgemeinen kälteadaptiert und können auf der Weide überwintern, wenn sie im ersten Jahr nicht gefressen werden [34], wohingegen andere, wie H. contortus, empfindlich auf Temperaturen < − 3 ℃ reagieren, obwohl dies besonders der Fall ist Die Art ist in der gesamten holarktischen Region verbreitet [35]. Kurz gesagt, das Risiko einer Kreuzübertragung von Nematoden zwischen Wildtieren und heimischen Wirten wird wahrscheinlich auch durch die Überwinterungsstrategie verschiedener Parasitenarten beeinflusst.

Traditionell wurden Nematodengemeinschaften in Wildtieren anhand morphologischer Kriterien in erwachsenen männlichen Würmern identifiziert, die bei der Autopsie gefunden wurden. Mit den Fortschritten in der molekularen Technologie ist es heutzutage möglich, Stuhlproben zur Bestimmung der vorhandenen Gattungen und/oder Arten zu verwenden. Kürzlich wurde eine Methode zur gleichzeitigen Identifizierung aller möglichen Strongyliden entwickelt, die die am häufigsten vorkommenden und vielfältigsten Parasiten bei Nutztierwiederkäuern sind, basierend auf der Sequenzierung der nächsten Generation des internen transkribierten Spacer-2-rDNA-Amplikons [36]. Diese Technologie wurde auch zur Untersuchung von Proben von Rehen in Frankreich [15] sowie von anderen wildlebenden Huftieren in den USA [28] eingesetzt. Die wichtigsten Vorteile dieses Ansatzes sind eine erhöhte Sensitivität und Spezifität sowie die unvoreingenommene Quantifizierung ganzer parasitärer Nematodengemeinschaften und die Linderung von Problemen im Zusammenhang mit kryptischen Arten [36].

Derzeit liegen nur begrenzte Kenntnisse über das Vorkommen von Helminthen in schwedischen Wildtieren vor, da nur wenige landesweite und systematische Studien mit Schwerpunkt auf parasitären Nematoden durchgeführt wurden. Nach unserem besten Wissen gibt es nur zwei veröffentlichte Studien: Die erste basiert auf erwachsenen Würmern, die Ende der 1960er Jahre aus der Nahrung von Rehen (n = 306) und Elchen (Alces alces) (n = 19) entnommen wurden [ 24], während die zweite auf Proben von toten oder geschwächten Elchen (n = 50) basiert [37]. Die vorliegende Untersuchung konzentriert sich auf Hirscharten in Gebieten, in denen sich in Schweden die meisten Schaffarmen befinden: Rehe, Damhirsche und in gewissem Umfang auch Rothirsche und Mufflons (Ovis aries musimon). Die drei Hirschartige kommen in Schweden recht häufig vor, Mufflons sind jedoch selten [38]. Unter diesen weist das Rehwild die höchste Häufigkeit in Schweden auf und kommt im gesamten Probenahmegebiet seit > 100 Jahren vor. Es ist der einzige Hirschhals auf der Insel Gotland. Dam- und Rotwild haben in den letzten 30 Jahren auf dem Festland in den südlichen Teilen des Landes zugenommen (www.viltdata.se, veranstaltet vom schwedischen Jägerverband, 2022). Mufflons gelten in Schweden als exotische Art und die letzte Populationsschätzung aus dem Jahr 2005 schätzte den Bestand auf etwa 1000 Tiere [38, 39]. In der vorliegenden Studie haben wir die Strongyliden-Nemabiom-Gemeinschaften in den genannten Wildtierwirten untersucht, um Basisdaten für ein besseres Verständnis und eine Bewertung des Risikos eines Parasitenaustauschs zwischen Wild- und Hauswiederkäuern bereitzustellen.

Im Vorfeld der Hauptjagdsaison von August bis November 2019 wurden Jäger über die Jagdpresse über die Studie informiert und zur Teilnahme aufgefordert. Diejenigen, die sich zur Teilnahme bereit erklärten, wurden darin geschult, Kotproben aus dem Rektum von Rothirschen, Damhirschen, Rehen und Mufflons zu sammeln und aufzubewahren (+ 4 °C), bevor sie an das Labor geschickt werden. Nachdem die Proben per Post oder direkter Einsendung in unserem Labor eingegangen waren, wurden sie vor der Weiterverarbeitung kurzzeitig bei + 4 °C gelagert. Zusammen mit weiteren 29 Rehwildproben von Vidilab AB erhielten wir insgesamt 18 Rotwildkotproben, 106 Damwildproben, 125 Rehwildproben und 13 Mufflonproben. Die Standorte, an denen die Tiere gejagt und beprobt wurden, waren über ganz Südschweden verteilt (Abb. 1). Die Anzahl der fäkalen Eier wurde mithilfe eines modifizierten McMaster-Protokolls analysiert [40]. Mit dem verbleibenden Kot wurden Koprokulturen angelegt und L3-Larven wurden mit der zuvor beschriebenen Methode der umgekehrten Petrischale gesammelt (41). Zusätzlich zu diesen Proben erhielten wir auch L3-Koprokulturen von einem kommerziellen Diagnoselabor. Die Gesamt-DNA wurde aus den Larven mit dem Nucleospin DNA Tissue Kit (Macherey-Nagel) gemäß dem Protokoll des Herstellers extrahiert.

Karte über Probenahmestellen in Südschweden. Auf der Insel Gotland (links in der Abbildung) gibt es nur Rehe

Jede Probe wurde unter Verwendung der ribosomalen DNA-Primer (NC1-NC2) der universellen Nematoden-internen transkribierten Spacer-Region 2 (ITS2) amplifiziert, die mit eindeutigen 8-bp-Barcodes kombiniert wurden, bevor sie für die Sequenzierung gepoolt wurden. Kurz gesagt, 50-µl-PCR-Reaktionen wurden doppelt durchgeführt und mit AMPure XL-Magnetkügelchen aufgereinigt. Die gereinigten PCR-Produkte wurden in gleichen Mengen gepoolt, bevor sie auf der Sequenzierungsplattform von Pacific Biosciences mit SMRT-Zellen V3 RSII im SciLifeLab, Uppsala, Schweden, sequenziert wurden. Für weitere Einzelheiten siehe Halvarsson und Höglund [23].

Jeder der Sequenzierungspools wurde mit Lima v2.4 (https://github.com/PacificBiosciences/barcoding) (lima reads.fq.gz barcodes.fasta demux.fastq -hifi-prefix SYMMETRICS) demultiplext. Das DADA2-Paket [42] in R wurde hier verwendet, um Amplikonsequenzvarianten (ASV) aus dem sequenzierten Datensatz abzuleiten. Zunächst wurden Lesevorgänge entfernt, die ungelöste Nukleotide enthielten (maxN = 0). Zweitens wurden Primer an beiden Enden von den Amplikonsequenzen entfernt (dada2::removePrimers). Drittens wurden Sequenzen mit einer höher als erwarteten Fehlerzahl (maxEE = 2) und Sequenzen < 200 bp entfernt, während die Sequenzierungsfehlerraten (learnErrors, errorEstimationFunction = PacBioErrfun) geschätzt und zur Korrektur des Datensatzes verwendet wurden. Viertens wurden Beispieldaten derepliziert (derepFastq). Fünftens wurden Proben mit dem dereplizierten Datensatz als Eingabedaten (Dada) abgeleitet. Schließlich wurden Chimären entfernt [removeBimeraDenovo(method = 'consensus')] und die taxonomische Zuordnung von ASVs wurde unter Verwendung der taxonomischen Nematoden-ITS2-Datenbank (v1.2.0), heruntergeladen von https://www.nemabiome.ca/its2, durchgeführt (assignTaxonomy). -database.html [36, 43]. Um Kontaminationen zu berücksichtigen, wurden Singleton-Reads jedes ASV sowie ASVs mit einer Read-Anzahl von < 0,5 % der Gesamtzahl pro Probe herausgefiltert [44]. Darüber hinaus wurden Proben mit < 200 Lesevorgängen aus weiteren Analysen entfernt [23]. Das bei GeneBank (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/) verfügbare Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) wurde verwendet, um die korrekte Artenzuordnung zu überprüfen und fehlende taxonomische Daten für ungelöste ASVs basierend auf der Identität zu ergänzen . Die ASV-Zuordnung zu anderen Organismen als parasitären Nematoden wurde entfernt. Die Zuordnung einer Art zu einem ASV wurde nur berücksichtigt, wenn der Identitätsprozentsatz ≥ 98,5 % der Referenzsequenz betrug. Alle ASV-Lesevorgänge, die mit derselben taxonomischen Identität identifiziert wurden (dh Arten, entsprechend der Ähnlichkeit der ausgerichteten Sequenzen mit der Referenzdatenbank), wurden zusammengeführt. Diese Artenclusterung reduziert Hunderte/Tausende von ASVs auf eine Handvoll Arten und ist ein wichtiger Schritt bei der Analyse von Nemabiomen. Je mehr ASVs gefunden werden, die zur gleichen Art gehören, desto genetisch vielfältiger ist diese Art. Beispielsweise haben wir verschiedene ASVs in Trichostrongylus sp. gruppiert. A und Trichostrongylus sp. B basierend auf Sequenzähnlichkeit und am besten passender Sequenz in unseren BLAST-Suchen. Abschließend wurde der endgültige Artendatensatz für statistische Analysen verwendet.

Alle statistischen Analysen wurden in R v4.2.0 (veröffentlicht am 22.04.2022) durchgeführt [45]. Der Artenreichtum wurde durch Aufsummieren aller Arten berechnet, und nach der Standardisierung der Lesezahlen basierend auf den relativen Häufigkeiten wurden inverse Simpson- und Shannon-Wiener-Alpha-Diversitätsindizes unter Verwendung des R-Pakets vegan v2.5.7 berechnet. Das Paket VennDiagram v1.7.1 wurde zum Erstellen des Venn-Diagramms verwendet, während das UpSet-Diagramm mit dem Paket ComplexUpset v1.3.3 erstellt wurde, wobei ein Cutoff von Hosts bei n = 3 implementiert und in Abb. 5 kombiniert wurde. Diagramme wurden mit ggplot v3 visualisiert .3.5.

Nach Filterung und ASV-Clustering mit DADA2 wurden 13/18 Rotwild-, 86/106 Damwild-, 114/125 Rehwild- und 12/13 Mufflonproben zurückgehalten. Insgesamt wurden 884.113 Lesevorgänge aus den Proben erhalten (im Durchschnitt 3929, mit einer Spanne zwischen 202 und 7931 Lesevorgängen pro Probe). Die ASV-Clusterung ergab 916 ASVs, die 31 Nematodenarten repräsentierten, von denen 26 (84 %) auf Artenebene identifiziert wurden. Die größte Vielfalt wurde bei Rehen (n = 24) festgestellt, gefolgt von Damwild (n = 19), Rotwild (n = 20) und Mufflons (n = 10), und die Anzahl der Arten unterschied sich deutlich zwischen den Wirten ( GLMArtenreichtum, F = 4,44, df = 3, P = 0,0047). Darüber hinaus unterschied sich die mittlere Artenvielfalt in Proben verschiedener Wirte, gemessen anhand der beiden Alpha-Diversitätsindizes, zwischen den Gruppen deutlich. Mufflon hatte die niedrigsten Diversitätswerte, Rotwild hingegen die höchsten (GLMInverseSimpsons, F = 6,88, df = 3, P = < 0,0001; GLMShannon-Wiener, F = 5,93, df = 3, P = < 0,0001) (Abb. 2) . Unter den identifizierten Arten dominierten neun: Chabertia ovina, Oesophagostomum venulosum, Ostertagia leptospicularis, Ostertagia sp., Spiculopteragia asymmetrica, Spiculopteragia boehmi, Spiculopteragia houdemeri, Trichostrongylus axei und Trichostrongylus sp. B. Zusammen repräsentierten diese neun Arten 837464 (94,7 %) Lesevorgänge und bildeten 627 (68 %) ASVs (Tabelle 1 und Abb. 3).

Parasitendiversitätsdiagramme für die vier Wirtsarten. Artenreichtum für die vier Wirtsarten (A), wobei die höchste Anzahl an Parasitenarten bei einem einzelnen Rotwild gefunden wurde. Der Inverse Simpson-Diversitätsindex (B) und der Shannon-Wiener-Index H' (C) sind zwei verschiedene Messungen der Alpha-Diversität für die Wirtsart. Boxplots innerhalb der Geigendiagramme zeigen Medianwerte an

Balkendiagramm mit Zusammenfassung der Artenzusammensetzung. Mittlere Häufigkeiten für die Nemabiom-Zusammensetzung für die vier Wirtsarten, wobei Trichostrongylus axei in allen Wirten ein häufiger Parasit ist

Im Gegensatz dazu hatten Mufflons die höchste Anzahl an Nematoden-Eiern pro Gramm (EPG) Kot (mittlerer EPG: 517, SD = 392), gefolgt von Rehen (mittlerer EPG: 152, SD = 237) und Damwild (mittlerer EPG: 68). , SD = 108) und Rotwild, die am wenigsten hatten (mittlerer EPG: 7, SD = 19) (Abb. 4A). Der Artenreichtum der Parasiten wurde durch EPG nicht beeinflusst (GLM: t = 28,74, df = 187, P = 0,086) und auch die Menge der für die Koprokultur verarbeiteten Stuhlprobe wurde nicht beeinflusst (GLM: t = 10,72, df = 54, P = 0,54) ( Abb. 4B, C).

Auswirkungen von EPG und Stuhlproben auf den Artenreichtum. Die meisten Proben hatten einen niedrigen EPG-Wert, aber Mufflons hatten im Durchschnitt die höchste EPG-Anzahl (A). Der Artenreichtum nahm mit höherem EPG zu (B), aber die Stuhlprobe für Koprokulturen hatte keinen Einfluss auf den Artenreichtum (C).

Die Anzahl der mit einer bestimmten Art infizierten Wirte variierte je nach Wirtsart. Die drei am häufigsten vorkommenden Arten bei Rehen waren: O. leptospicularis (82 %), S. boehmi (62 %) und Trichostrongylus sp. B (50 %); bei Damwild: Ostertagia sp. (49 %), S. asymmetrica (67 %) und T. axei (42 %); bei Rotwild: O. leptospicularis (33 %), S. asymmetrica (67 %) und T. axei (42 %); bei Mufflons: O. leptospicularis (38 %), Teladorsagiacircumcincta (62 %) und T. axei (92 %). Einzelheiten zum Vorkommen und der relativen Häufigkeit aller Parasitenarten in den einzelnen Wirtsarten finden Sie in Tabelle 1.

Nachdem wir verschiedene ASVs derselben Art zusammengeführt hatten (dh Arten-Clustering durchgeführt hatten), basierend auf der Ähnlichkeit von NCBI BLAST, fanden wir 31 einzigartige Taxa. Sechs Arten (19 %) kamen bei allen Wirtsarten vor: Oesophagostomum venulosum (mit geringer relativer Häufigkeit bei Hirschartigen, 2–9 % und unbedeutend bei Mufflons, < 1 %), O. leptospicularis (gering bis mäßig bei allen Wirten, 1,5– 30 %), Ostertagia sp. (unbedeutend bei Rehen und Mufflons, < 1 %, und geringe Werte bei Dam- und Rotwild, 8 und 9 %), S. asymmetrica (unbedeutend bei Rehen und Mufflons, < 1 % und mäßig bei Dam- und Rotwild, 24 und 48 %), Teladorsagia Circumcincta (unbedeutend bei allen Wirten, < 1 %) und T. axei (hohe Werte bei Mufflons, 84 %, aber auch niedrig bis mäßig bei den anderen Wirten, 10–26 %) (Abb. 5). Trichostrongylus axei war gemessen an der Anzahl der ASVs eine der genetisch vielfältigsten Arten. Es scheint auch ein Generalist zu sein, da die 12 häufigsten ASVs bei allen Wirtsarten gefunden wurden.

Wirtsspezifität und Zusammensetzung der Gemeinschaft. Das Venn-Diagramm in der oberen linken Ecke zeigt die Anzahl gemeinsamer und einzigartiger Parasitenarten in den vier Wirtsarten. Sechs Arten wurden von allen Wirten geteilt (Oesophagostomum. venulosum, O. leptospicularis, Ostertagia sp., Spiculopteragia asymmetrica, Teladorsagiacircumcincta und Trichostrongylus axei). Das Störungsdiagramm zeigt Parasitenkombinationen, die in mindestens drei Wirten gefunden werden können, wobei die häufigste Kombination (Spiculopteragia asymmetrica und Ostertagia sp.) bei 13 Damwildwirten gefunden wurde. Der am häufigsten identifizierte Parasit, Ostertagia leptospicularis, wurde in 136 Wirten gefunden

Bei Hirschartigen waren 13 (42 %) Parasitenarten in mindestens zwei der Wirtsarten vertreten, die bei Mufflons nicht gefunden wurden. Dies waren: Chabertia ovina (geringe Prävalenz bei Damhirschen und mäßige Prävalenz bei Rehen, 1 % und 26 %), Coronocyclus Coronatus (geringe Prävalenz bei Rehen und Damhirschen, 1 % und 2 %), Cyathostomum catinatum (geringe Prävalenz bei Rehe und Rotwild, 4 % und 6 %), Cylicocyclus nassatus (geringe Prävalenz bei Rehen und Damwild, 6 % und 1 %, und mäßig bei Rotwild, 17 %), Cylicostephanus calicatus (geringe Prävalenz insgesamt, 1–6). %), Cylicostephanus longibursatus (geringe Prävalenz bei Dam- und Rehwild, 1 % und 4 %), Cylicostephanus minutus (mit geringer Prävalenz bei Reh- und Rothirsch, 2 % und 6 %), Dictyocaulus sp. (geringe bis mäßige Prävalenz insgesamt, 2–11 %), Haemonchus contortus (geringe bis mäßige Prävalenz insgesamt, 2–17 %), Oesophagostomum dentatum (geringe Prävalenz insgesamt, 2–11 %), S. boehmi (bei a hohe Prävalenz bei Rehen, 62 %, aber gering bis mäßig bei Dam- und Rothirschen, 8 % und 22 %; Trichostrongylus sp. A (insgesamt niedrige Prävalenz, 2–6 %) und Trichostrongylus sp. B (mit einer hohen Prävalenz bei Rehen, 50 %, aber einer geringen bis mäßigen Prävalenz bei Dam- und Rothirschen, 4–11 %) (Tabelle 1).

Darüber hinaus identifizierten wir zehn Arten (32 %), die nur in einer Wirtsart gefunden wurden, darunter zwei in Mufflons (Cooperia oncophora und Muellerius capillaris), drei in Rotwild (Cylicostephanus goldi, Elaphostrongylus rangiferi, Strongylus vulgaris) und fünf in Rehe (Cylicocyclus ashworthi, Cylicocyclus leptostomus, Mazamastrongylus dagestanica, Ostertagia ostertagi, Trichostrongylus colubriformis), während Damwild keine einzigartige Art hatte. (Abb. 5). Die meisten davon waren jedoch ungewöhnlich und wurden nur bei wenigen Wirtsindividuen gefunden, mit Ausnahme von M. dagestanica, der bei bis zu 11 von 125 (9 %) und mit einer durchschnittlichen relativen Häufigkeit von 14 % (variierend zwischen 0,1 und 14 %) gefunden wurde und 98%) bei Rehen.

Da Wildwiederkäuer als Reservoir für bestimmte Nematoden fungieren können, spielen sie möglicherweise eine Schlüsselrolle bei der Gestaltung der räumlichen Verteilung von Nematodengemeinschaften in der Hausweidehaltung. Abgesehen davon, dass das Wissen über die biologische Vielfalt von Parasiten in Wildwirten von allgemeinem biologischem Interesse ist, rechtfertigt dies die Untersuchung der Nemabiomzusammensetzung wilder Huftiere aus veterinärmedizinischer Sicht. In der aktuellen Studie, die sich auf die Rolle bestimmter Wildtiere als Reservoir für Strongylidennematoden bei Schafen konzentriert, haben wir 31 Arten identifiziert, davon 24 (77 %) bei Rehen, 19 (61 %) bei Damhirschen, 20 (65 % ) bei Rotwild und 10 (32 %) bei Mufflons, unter Verwendung von Nemabiom-Sequenzierung, durchgeführt an kultivierten Kotproben, die Nematodenlarven enthielten. Von den identifizierten Arten machten nur 15 (48 %) > 99 % der abgerufenen Messwerte aus. Die drei häufigsten Arten waren: O. leptospicularis, S. boehmi und Trichostrongylus sp. B bei Reh; S. asymmetrica, Ostertagia sp. und T. axei bei Damwild; O. leptospicularis, S. asymmetrica und T. axei bei Rothirschen und O. leptospicularis, T. Circumcincta und T. axei bei Mufflons. Zusammengenommen machten diese 85 % der Gesamtzahl der Lesevorgänge aus. Von besonderem Interesse ist, dass wir zusätzlich zu T. axei auch vier Arten identifiziert haben, die kürzlich bei Hausschafen in derselben geografischen Region gemeldet wurden (23, 44). Von diesen wurde nur T. axei in geringen bis hohen Konzentrationen in den Wildtierwirten gefunden. Im Gegensatz dazu waren die relativen Häufigkeitsschätzungen für Arten, von denen bekannt ist, dass sie bei Schafen vorkommen (C. ovina, H. contortus, O. venulosum und T.circumcincta), unbedeutend bis niedrig und/oder fehlten bei einigen Wildtierwirten. Zusammengenommen deuten diese Ergebnisse darauf hin, dass die untersuchten Huftiere eine Rolle bei der Ausbreitung parasitärer Nematoden auf Weiden spielen könnten, auf denen Hausvieh weidet. Da die Nemabiomprofile bei domestizierten Schafen und den untersuchten Wildwirten jedoch so unterschiedlich aussehen, scheint dies unwahrscheinlich. Dennoch kann das Risiko einer Kreuzübertragung beispielsweise von H. contortus nicht ignoriert werden.

Wie Poulin und Mouillot [46] betonten, nimmt die Wirtsspezifität von Helminthenparasiten mit abnehmender taxonomischer Unterscheidbarkeit zwischen ihren Wirtsarten zu. Von den 31 in unserer Studie identifizierten Arten kamen 21 (68 %) in mehr als einem Wirtstyp vor, während 10 (32 %) nur in einer Wirtsart vorkamen. Allerdings wurden in allen vier Wildtierwirten nur sechs Arten (O. venulosum, O. leptospicularis, Ostertagia sp., S. asymmetrica, T.circumcincta und T. axei) in variabler relativer Häufigkeit gefunden. Dies steht im Einklang mit Wyrobisz-Papiewska et al. [47], der auf der Grundlage eines kombinierten morphologisch-molekularen Ansatzes zu dem Schluss kam, dass beispielsweise O. leptospicularis ein Generalist bei Hirsch- und Rinderwirten ist. Ebenso wurde gezeigt, dass T. axei ein Generalist ist [27]. Andererseits wurden auch sechs weitere Arten (C. calicatus, H. contortus, O. dentatum, S. asymmetrica und Trichostrongylus sp. B) identifiziert, die nur bei allen Hirschartigen, nicht aber bei Mufflons vorkommen. Unseren Daten zufolge war die Anzahl der gemeinsamen Arten bei den Hirschartigen höher als bei den Mufflons. Dies steht im Einklang mit [3], der feststellte, dass spezialisierte Helminthen in der Regel bei einem Paar eng verwandter Wiederkäuerarten vorkommen. Obwohl O. leptospicularis und T. axei zu den am häufigsten vertretenen Arten in allen in die Studie einbezogenen Wirtsarten gehörten, waren die Hirsche häufiger mit bekannten Nematoden infiziert, die spezifisch für Wildtiere sind, wie etwa denen der Gattung Spiculopteragia und zwei nicht identifizierten Trichostrongylus spp. Im Gegensatz dazu waren die wenigen Mufflons hauptsächlich mit Nematoden infiziert, die sie mit Schafen teilen, wie z. B. Oesophagostomum spp., T. Circumcincta und T axei, obwohl auch andere wie S. asymmetrica, S. houdemeri und Ostertagia sp. wurden auch mit den Hirschen geteilt.

Überraschenderweise war der Mufflon im Gegensatz zu den Hirschartigen in der vorliegenden Studie nicht mit H. contortus infiziert, einem Parasiten, der in Schweden hauptsächlich die Winter in seinem Wirt als festgehaltene Larve überlebt [48]. Da bekannt ist, dass Mufflons anfälliger für H. contortus sind als Hirsche [25], ist es wahrscheinlich, dass wir diese Art in unserem Datensatz nicht identifiziert haben, da die Stichprobengröße für diesen Wirt begrenzt ist (n = 12). Dennoch steht die Beobachtung im Einklang mit Balicka-Ramisz et al. [49], der in einer jährlich in ganz Polen durchgeführten Studie H. contortus auch nicht in Mufflons fand. Andererseits war es sowohl bei Mufflons aus dem Alpenraum in Italien [14] als auch in Spanien [50] weit verbreitet. Im Gegensatz dazu fanden wir H. contortus bei Rehen, Damwild und Rotwild. Dieser Befund stimmt mit einigen Studien überein [16, 18, 20, 21, 51], nicht jedoch mit anderen, bei denen zwischen 20 % und mehr als die Hälfte der untersuchten Tiere mit H. contortus infiziert waren [11, 13, 17, 19]. Obwohl die relative Häufigkeit von H. contortus in allen Wirten unbedeutend war, stellten wir fest, dass die Prävalenz bei Rotwild höher war als bei Rehen und Damwild. Darüber hinaus scheint es in Übereinstimmung mit der vorliegenden Studie zu sein, dass H. contortus bei Hirschen im Allgemeinen seltener vorkommt als T. axei [16, 20, 21, 52]. Interessanterweise stellten wir in der vorliegenden Studie fest, dass T. axei einer der am weitesten verbreiteten Parasiten war, wobei 38 % der Rehe, 42 % der Damhirsche, 50 % der Rothirsche und 92 % der Mufflons infiziert waren. Dies steht im Einklang mit Bolukbas et al. (2012) und Chintoan-Uta et al. [17], der Schätzungen zur Prävalenz von T. axei bei Rehen zwischen 67 und 80 % angab. Unsere hier vorgelegten Prävalenzzahlen für T. axei (38 %) sind auch höher als die zuvor gemeldeten Zahlen für Rehe in Schweden (11 %) [24] sowie in einigen anderen europäischen Ländern [16, 18, 20]. Auch unsere aktuellen Zahlen für Rot- und Damwild (50 % bzw. 42 %) sind höher als die in anderen Studien (1–20 %) [14, 17, 18, 21, 50, 53]. Wenn die Wildwirte in unserer Untersuchung tatsächlich als Reservoire fungieren, erscheint es auf jeden Fall widersprüchlich, dass T. axei im Gegensatz zu H. contortus bei Hausschafen aus derselben Region ungewöhnlich ist. In unserer Studie fanden wir heraus, dass T. axei die dominierende Art bei Mufflons war, während sie bei den Hirschwirten weitaus seltener vorkam. Die 12 Haplotypen (ASVs) mit den höchsten Lesezahlen wurden in allen Wirtsarten gefunden, was die Ansicht stützt, dass T. axei ein echter Generalist ist. Wie Walker und Morgan [1] vermuten, ist die tatsächliche Übertragung von Nematoden zwischen Wildtieren und Nutztieren jedoch nicht allein durch die Tatsache gewährleistet, dass dieselbe Parasitenart in mehreren Wirten vorhanden ist. Populationsstudien ähnlich denen von Archie und Ezenwa [27], die die genetische Variation auch in anderen genetischen Regionen als ITS2 verschiedener Isolate desselben Parasiten aus mehreren Wirtsarten untersuchten, sind daher erforderlich, bevor endgültigere Schlussfolgerungen über die tatsächliche Rolle der Tierwelt gezogen werden können Gastgeber können ausgelost werden.

Die ordnungsgemäße Identifizierung der Parasiten in den verschiedenen Wirtsarten ist natürlich von grundlegender Bedeutung für das Verständnis der Möglichkeiten einer Kreuzübertragung zwischen ihnen. Auch wenn einige Mitglieder, etwa die der Überfamilie Trichostrongylidae, auf den ersten Blick eher spezifisch für eine Art oder Wirtsfamilie zu sein scheinen, werden andere bei einer Vielzahl von Wirtsarten beobachtet. Wie von Suarez und Cabaret [57] vorgeschlagen, spielen sowohl die Wirtsspezifität als auch die Umgebung eine wichtige Rolle bei der Gestaltung der Artenzusammensetzung, auch wenn die Auswirkungen der einzelnen Faktoren nicht leicht einzuschätzen sind. Da es manchmal schwierig ist, eng verwandte Arten allein anhand morphologischer Merkmale zu unterscheiden, ist in der Regel eine Bestätigung durch molekulare Methoden erforderlich [54]. Dies liegt daran, dass es starke Hinweise auf das Vorhandensein von Morphen bei mehreren Mitgliedern der Familie Trichostrongylidae gibt. Es gibt beispielsweise genetische Hinweise darauf, dass T. Circumcincta, Teladorsagia trifurcata und Teladorsagia davtiani, die in einer Vielzahl von Wildtieren und Hauswirten beschrieben wurden, eine einzige Art sind [55]. Genetische Daten deuten auch darauf hin, dass S. asymmetica und Spiculopteragia quadrispiculata morphologisch unterschiedliche Varianten einer einzelnen Art darstellen [56]. Ebenso wurde vermutet, dass O. colchidae und O. leptospicularis ein einziges Artenpaar darstellen [57]. Allerdings gibt es auch starke Hinweise darauf, dass es sich bei O. leptospicularis um eine kryptische Art handelt, da experimentell nachgewiesen wurde, dass sich der Wildstamm vom Rinderstamm unterscheidet [47]. Darüber hinaus kommt es manchmal zu Hybridisierungen zwischen eng verwandten Arten, beispielsweise zwischen Haemonchus spp. während der gemeinschaftlichen Weidebedingungen in den Tropen [58]. Zusammengenommen scheinen diese Phänomene (polymorphe und kryptische Arten, Hybridisierung) bei trichostrongyliden Nematoden häufig zu sein. Dies wird in unserer Studie veranschaulicht, da die identifizierten Arten durch mehrere ASVs repräsentiert wurden (siehe Tabelle 1). Dies erschwert wiederum den Vergleich unserer aktuellen Ergebnisse mit denen früherer Prävalenzstudien zur Artenzusammensetzung von Nematoden bei europäischen Hirschartigen. Dies liegt daran, dass die meisten europäischen Studien auf traditionellen Methoden basieren, mit Ausnahme einer von Beaumelle et al. [15], bei dem die Artenidentifizierung in Proben von Rehen stattdessen auf einem ähnlichen Nemabiom-Analyseansatz basierte.

Als wir unseren ITS2-Nemabiom-Datensatz mit denen von Rehen in Frankreich verglichen [59], bestätigten sich die Ergebnisse größtenteils gegenseitig, unterschieden sich aber auch in mancher Hinsicht. Beispielsweise gehörten C. ovina, O. leptospicularis, O. venulosum und T. axei in beiden Rehstudien zu den häufigsten Arten. Darüber hinaus waren in beiden Studien nur einige Tiere mit H. contortus oder T. Circumcincta infiziert. Ein Unterschied besteht jedoch darin, dass wir zwar sowohl S. boehmi (Prävalenz = 62 %; 25 % der Messwerte) als auch S. asymmetrica (Prävalenz = 12 %; 8 % der Messwerte) identifiziert haben, diese Arten jedoch nicht im identifiziert werden Französischstudium. S. boehmi ist jedoch ein bekannter Parasit von Rehen in den Niederlanden (16) und in Polen (18), was mit unserem Befund übereinstimmt. Wir fanden außerdem heraus, dass S. boehmi sowohl bei Dam- als auch bei Rotwild vorkam. Während S. asymmetrica normalerweise die Art dieser Gattung ist, die wie in unserer Studie mit diesen beiden Hirschartigen assoziiert ist, wurde sie auch bei Rehen beschrieben [18, 53, 60, 61]. Tatsächlich war S. asymmetrica laut unserer Analyse in 50 % der Fälle bei Damhirschen und in 28 % der Fälle bei Rothirschen vertreten. Darüber hinaus stimmten 4 bis 5 % der Lesevorgänge in diesen Wirten mit S. houdemeri überein. Obwohl dieser Parasit hauptsächlich aus einer Vielzahl einheimischer Hirschartige im Fernen Osten bekannt ist, wurde er sowohl durch morphologische als auch molekulare Instrumente anhand von Proben, die von Sikahirschen (Cervus nippon) in Japan gewonnen wurden, sehr detailliert beschrieben [62]. Kürzlich wurde S. houdemeri als invasiver Parasit mit Fallberichten von Sikahirschen sowohl in Österreich als auch in Deutschland beschrieben, es ist jedoch auch bekannt, dass er in der Tschechischen Republik bei wilden Rehen, Damhirschen und Rothirschen nachgewiesen wurde [9]. ].

Ein weiterer Unterschied zur Studie von Beaumelle et al. [15] ist, dass wir B. trigonocephalum nicht identifiziert haben. In Frankreich kam diese Art jedoch nur an einem Ort in geringer relativer Häufigkeit vor. Im Gegensatz zu Beaumelle et al. [15] haben wir Mazamastrongylus dagestanica entdeckt, der wie S. houdemeri seinen Ursprung in der Kaukasusregion hat. Mazamastrongylus dagestanica war früher als Spiculopteragia alcis bekannt und galt damals als typischer Parasit bei Rehen und Elchen, obwohl die ursprüngliche morphologische Beschreibung an Exemplaren von Schafen erfolgte [63]. In unserer Studie wurde diese Art ausschließlich bei Rehen gefunden (9 %). Interessanterweise betrug in einer älteren schwedischen Studie aus den 1970er Jahren die Prävalenz von S. alcis 38 % bei Rehen und 100 % bei Elchen [24]. Darüber hinaus haben wir neun Strongylidenarten identifiziert, die normalerweise bei Pferden vorkommen. Wenn die Daten jedoch kombiniert werden, machen diese Taxa nur 1,4 % der Gesamtzahl der Lesevorgänge aus. Daher kann dies entweder auf eine Laborkontamination oder auf Sequenzierungsartefakte zurückzuführen sein.

Obwohl es, wie Beaumelle et al. feststellten, nur wenige alternative kostengünstige Methoden zur Probenahme und objektiven Identifizierung von Wildtier-Nematoden gibt. [15] Ein Nachteil des Nemabiom-Ansatzes besteht darin, dass Sequenzdaten für wildlebende Nematoden entweder fehlen oder in gängigen Datenbanken stark unterrepräsentiert sind. Dies wird auch in unserer Analyse deutlich, in der die verschiedenen Arten durch 1 bis 173 ASVs repräsentiert werden (Tabelle 1). Die beiden Arten mit den meisten ASVs in unserer Studie sind O. leptospicularis und T. axei, während O. ostertagi und Cooperia sp. um nur zwei bzw. einen ASV(s). Darüber hinaus haben Beaumelle et al. [15] konnten wir die Art einiger ASVs nicht identifizieren. Dennoch wurden in unserer Studie bis zu 26 von 31 (84 %) ASV-Clustern der Artenebene zugeordnet. Dennoch ist die Taxonomie einer der häufigsten Arten, die wir bei Rehen gefunden haben, Trichostrongylus sp. B ist nicht ganz klar und bedarf daher weiterer Untersuchungen. Unabhängig davon ist die Nemabiomsequenzierung eine wertvolle Methode zur objektiven Bewertung der Vielfalt und des Reichtums wild lebender Nematoden, auch wenn die Methode nicht frei von Nachteilen ist. Beispielsweise scheiterte in einigen Fällen die ordnungsgemäße Identifizierung der Arten, weil Referenzsequenzen in den öffentlichen Datenbanken fehlten (dh jeweils ein Mitglied in den Gattungen Dictyocaulus, Cooperia und Ostertagia und zwei innerhalb der Gattung Trichostrongylus).

Eine weitere Einschränkung unserer Studie besteht darin, dass die Anzahl der Proben pro untersuchtem Wirt sowohl bei Mufflons (n = 13) als auch bei Rothirschen (n = 18) stark schwankte und weniger gut untersucht war als bei Damhirschen (n = 106) und Rehen ( n = 125). Aufgrund der geringen Anzahl an Proben einiger Wirtsarten können wir daher nicht ausschließen, dass wir einige Arten übersehen haben, wie zum Beispiel H. contortus im Mufflon. Es ist auch bekannt, dass die Anfälligkeit für Nematodeninfektionen sowohl zwischen als auch innerhalb derselben Wirtsart unterschiedlich ist. In Frankreich beispielsweise hatten erwachsene Männer schwerere Infektionen als Jugendliche und erwachsene Frauen [64]. In ähnlicher Weise waren bei Rothirschen in Zentralspanien sowohl das Auftreten als auch die Intensität von Labmagenparasitismus bei älteren Tieren, insbesondere bei Männern, höher [65]. Allerdings zeigte nur das Geschlecht einen Einfluss auf die Nematodenbelastung bei Rehen während der Jagdsaison im Nordwesten der Iberischen Halbinsel, wobei die Belastung bei Männern höher war [20]. Im Gegensatz dazu wiesen Damwildkälber eine deutlich höhere Wurmzahl auf als Jährlinge, es gab jedoch keinen Unterschied zwischen den Geschlechtern [60]. Ebenso unterschied sich die Alpha-Diversität der Parasitengemeinschaften bei Rehen in Frankreich nicht zwischen den Geschlechtern [15]. Darüber hinaus gibt es saisonale Trends bei der Eizahl im Stuhl. Beispielsweise wurde bei Damwild auf der Iberischen Halbinsel ein bimodales Muster für die Infektionsintensität durch Magen-Darm-Nematoden beobachtet [65]. Daher könnte das Fehlen oder geringe Vorkommen einiger Arten auch auf eine Hypobiose zurückzuführen sein. Andererseits hatten weder EPG noch die Probenmenge für Koprokulturen einen Einfluss auf die Artenhäufigkeit. Da die von uns untersuchten Proben jedoch hauptsächlich von Jägern während der Jagdsaison im Herbst stammten, kann nicht ausgeschlossen werden, dass die Jahreszeit das Ergebnis beeinflusst. Dennoch identifizierten wir 31 Arten, wobei die Mehrheit (68 %) in mehr als einem Wirtstyp vorkam.

In dieser Studie haben wir die Nemabiome von vier Wildtierwirten in Schweden untersucht. Wir fanden heraus, dass T. axei die am häufigsten identifizierte Art war, im Gegensatz zu unserer vorherigen Studie an Schafen, wo H. contortus und T. Circumcincta am häufigsten vorkamen. Basierend auf unseren Erkenntnissen können wir den Schluss ziehen, dass Wildtiere in Schweden mit Arten infiziert sind, die theoretisch auf Schafe übertragen werden können. Wir gehen jedoch davon aus, dass das Risiko dafür gering ist, da die Nemabiomprofile zwischen den Wirtsarten sehr unterschiedlich sind. Zusätzlich zu mehreren typischen Wildtiernematoden wurde der invasive Parasit S. houdemeri zum ersten Mal in Schweden bei Damhirschen, Rotwild und Mufflons gefunden, während Ashworthius sidemi fehlte. Wir kommen zu dem Schluss, dass die Nemabiomanalyse ein leistungsstarkes Werkzeug ist, da wir 31 Arten identifizieren konnten. Einige konnten nicht der Artebene zugeordnet werden. Für die Zukunft ist es daher wichtig/notwendig, morphologisch identifizierte Exemplare zu sequenzieren, um die Artenabgrenzung mithilfe des Nemabiom-Analyseansatzes in Wildtieren weiter zu verbessern.

Die während der aktuellen Studie verwendeten und/oder analysierten Datensätze sind auf begründete Anfrage beim jeweiligen Autor erhältlich. Die ITS2-Rohdaten sind in der BioStudies-Datenbank (http://www.ebi.ac.uk/biostudies) unter der Zugangsnummer S-BSST527 verfügbar.

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Referenzen herunterladen

Die Autoren danken allen Jägern und Vidilab AB für die Bereitstellung von Proben für diese Studie. Darüber hinaus danken die Autoren dem SLU Metabarcoding Laboratory (UMBLA) für die Erstellung von Sequenzierungsbibliotheken sowie dem National Genomics Infrastructure (NGI)/Uppsala Genome Center und UPPMAX für die Unterstützung bei der massiven parallelen Sequenzierung und der Computerinfrastruktur. Die am NGI/Uppsala Genome Center durchgeführten Arbeiten wurden von RFI/VR und dem Science for Life Laboratory, Schweden, finanziert. Tiersilhouetten für die grafische Zusammenfassung wurden von phylopic.org heruntergeladen, wo Anthony Caravaggi das Damhirschbild unter der Creative Commons Attribution-NonCommercial-ShareAlike 3.0 Unported-Lizenz erstellte, http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/3.0/ ; Steven Traver hat das Mufflon-Bild erstellt, Ferran Sayol die Rothirsch- und Reh-Bilder unter der Public Domain Dedication 1.0-Lizenz, http://creativecommons.org/publicdomain/zero/1.0/. Abbildung 1 wurde unter Verwendung von Natural Earth-Vektordaten erstellt.

Open-Access-Finanzierung durch die Schwedische Universität für Agrarwissenschaften. Diese Arbeit wurde von Formas, Schweden, an JH [Fördernummer 2018-02888] unterstützt.

Abteilung für Biomedizinische Wissenschaften und öffentliche Veterinärgesundheit, Schwedische Universität für Agrarwissenschaften, 7036, 750 05, Uppsala, Schweden

Peter Halvarsson, Paulius Baltrušis und Johan Höglund

Abteilung für Ökologie, Schwedische Universität für Agrarwissenschaften, Wildtierforschungsstation Grimsö, 739 93, Riddarhyttan, Schweden

Petter Kjellander

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JH, PH und PK haben die Studie entworfen. PH und PK organisierten und sammelten die Proben von Jägern, PH analysierte die Daten und erstellte alle Grafiken. PB hat Sample-Demultiplexing durchgeführt. JH führte die Literaturrecherche durch und verfasste mit Hilfe von PH den Originalentwurf. PK lieferte Einzelheiten zu den Cervid-Wirten. Anschließend überprüften alle Autoren das Manuskript und stimmten der endgültigen Fassung zu. Alle Autoren haben das endgültige Manuskript gelesen und genehmigt.

Korrespondenz mit Peter Halvarsson.

Für diese Studie waren keine ethischen Genehmigungen erforderlich, da die Parasiten von Tieren gesammelt wurden, die während der regulären Jagd getötet und zur routinemäßigen Veterinärdiagnostik eingeschickt wurden.

Unzutreffend.

Die Autoren erklären, dass sie keine konkurrierenden Interessen haben.

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Nachdrucke und Genehmigungen

Halvarsson, P., Baltrušis, P., Kjellander, P. et al. Parasitäre Strongyliden-Nemabiom-Gemeinschaften bei wilden Wiederkäuern in Schweden. Parasites Vectors 15, 341 (2022). https://doi.org/10.1186/s13071-022-05449-7

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Eingegangen: 04. Juli 2022

Angenommen: 26. August 2022

Veröffentlicht: 27. September 2022

DOI: https://doi.org/10.1186/s13071-022-05449-7

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